프로세스 아이디로 윈도우 핸들을 구하는 방법입니다.
아래 소스를 참고 하세요.

ULONG ProcIDFromWnd(HWND hwnd) // 윈도우 핸들로 프로세스 아이디 얻기  
{  
 ULONG idProc;  
 GetWindowThreadProcessId( hwnd, &idProc );  
 return idProc;  
}

HWND GetWinHandle(ULONG pid) // 프로세스 아이디로 윈도우 핸들 얻기  
{  
 HWND tempHwnd = FindWindow(NULL,NULL); // 최상위 윈도우 핸들 찾기  
 
 while( tempHwnd != NULL )  
 {  
  if( GetParent(tempHwnd) == NULL ) // 최상위 핸들인지 체크, 버튼 등도 핸들을 가질 수 있으므로 무시하기 위해  
  if( pid == ProcIDFromWnd(tempHwnd) )  
   return tempHwnd;  
  tempHwnd = GetWindow(tempHwnd, GW_HWNDNEXT); // 다음 윈도우 핸들 찾기  
 }  
 return NULL;  
} 



사용 예제) 
주의 할것은 프로세스가 생성된 뒤 윈도우가 제대로 생성될 때까지 Sleep함수로 기다려야 합니다.

    startInfo.cb          = sizeof(STARTUPINFO);
    startInfo.lpReserved  = NULL;
    startInfo.lpTitle     = L"계산기";
    startInfo.lpDesktop   = NULL;
    startInfo.dwX         = 0;
    startInfo.dwY         = 0;
    startInfo.dwXSize     = 0;
    startInfo.dwYSize     = 0;
    startInfo.dwXCountChars    = 0;
    startInfo.dwYCountChars    = 0;
    startInfo.dwFlags     = STARTF_USESTDHANDLES;
    startInfo.wShowWindow = SW_SHOWDEFAULT;
    startInfo.lpReserved2 = NULL;
    startInfo.cbReserved2 = 0;
    startInfo.hStdInput   = GetStdHandle(STD_INPUT_HANDLE);
    startInfo.hStdOutput  = GetStdHandle(STD_OUTPUT_HANDLE);
    startInfo.hStdError   = GetStdHandle(STD_ERROR_HANDLE);

    ref = CreateProcess(
  L"C:\\WINDOWS\\system32\\calc.exe",
  L"",
            NULL,
            NULL,
            TRUE,
            CREATE_NEW_CONSOLE,
            NULL,
   L"C:\\WINDOWS\\system32",
            &startInfo,
            &pidInfo);

 Sleep(100);
 myhWnd =  GetWinHandle(pidInfo.dwProcessId);