아래와 같이 

InputStreamReader 와 OutputStreamWriter를 통해서  입출력을 하면 됩니다.

이때 Buffer는 byte[] 아니라 char[]가 되는 것을 주의 하세요.

Read 시
    FileInputStream fis = new FileInputStream(한글파일경로);
    Reader in = new InputStreamReader(fis, "UTF8");  

 Write 시
    FileOutputStream fos = new FileOutputStream(한글파일경로);
    Writer out = new OutputStreamWriter(fos, "UTF8");